农产品物流能力评价指标体系的优点是使农产品物流能力评估拥有效率，缺点是存在局限性。具体如下：1、优点，农产品物流能力评价指标体系使农产品物流能力评估拥有效率，可以更系统的进行评估。2、缺点，农产品物流能力评价指标体系存在局限性，没有科学的管理手段和评测方法必然会导致农产品物流发展中问题频繁出现，最终阻碍农产品经济的发展。农产品物流能力评价指标体系，是农产品物流能力评价按照一定的秩序联系组合的整体。