1.脊索动物的特征在于其拥有一个纵贯背部的支撑结构，即脊索，这一结构在进化中被脊柱所取代。2.脊索动物的神经中枢是空心的，位于背部，而这一特征在无脊椎动物中并不存在。3.在生活史的某个阶段，脊索动物会具备鳃裂，而无脊椎动物则没有这一结构。4.脊索动物的心脏位于消化道的腹面，这也是与无脊椎动物的一个区分点。5.无脊椎动物缺乏脊索或脊柱这样的结构，它们的神经中枢中的索状中枢神经位于身体腹面。6.无脊椎动物不会在生活史中出现鳃裂，而且它们的心脏位于消化道的背面。7.在能量代谢方面，脊索动物依赖于磷酸肌酸，而这一物质在无脊椎动物中是磷酸精氨酸。8.尽管存在上述差异，脊索动物和一些无脊椎动物仍然共享一些结构特征，如后口、仿眼三胚层、两侧对称、真体腔、分节现象和闭管式血液循环等。