保证机动车的合法性。根据中华网查询显示，车管所规定，新车辆合格证原件要抵押在车管所原因是作为车辆档案在车管所保存。车管所，全称车辆管理所，主要负责承办机动车注册、变更、转移、抵押、注销登记，车管所进行机动车驾驶证申请、补领、换领、审验及受理机动车和驾驶员相关的其他业务。