该剧结局是两人在一起了。根据电视剧《深牢大狱》单林和吴娟在剧中经历了很多困难和磨难，包括家庭问题、工作压力、人际关系等等。这些困难让他们更加成熟和坚强，也让他们更加珍惜彼此。单林和吴娟在剧中展现出了很多积极向上的品质，比如勇气、决心、毅力等等。这些品质让他们在面对困难时能够相互扶持、相互鼓励，也让他们更加有信心去追求自己的梦想。