该捐款1000元不能抵工商税。个人所得税法规定，个人将其所得对教育、济困等公益慈善事业进行捐赠，捐赠额未超过纳税人申报的应纳税所得额30%的部分，可以从其应纳税所得额中扣除。而工商税则是以企业所得为征税对象，因此个人捐款无法直接抵扣工商税。