两者区别是性质不同、内容不同、应用不同。1、性质不同：船舶报告系统资历是船舶在航运过程中，对船舶的航行状态、航行环境、航行过程进行记录和报告的记录文件。派遣报备是企业在进行劳务派遣业务时，需要向客户单位提交的备案材料。2、内容不同：船舶报告系统资历主要包括船舶基本信息、航行历史记录、航行环境记录、航行过程记录等内容。派遣报备主要包括劳务人员信息、用工需求、合同履行情况等内容。3、应用不同：船舶报告系统资历主要应用于船舶管理、航行安全、环保监测等领域。派遣报备主要应用于企业劳务派遣业务中，用于备案和公示。