两者的区别有：外形不同、生长环境不同、作用不同。1、外形不同：马牙瓜子细长，颜色为白色，表面有黑色的纹路；而葵花籽为瘦果，呈长形、卵形或近乎圆形，颜色有多种，可由纯白色、灰色或黑色条纹而构成。2、生长环境不同：马牙瓜子是新疆特产，种植条件特殊，喜欢在贫瘠的盐碱地生存，喜欢干旱，不能用化肥农药，亩产只有50公斤；而葵花籽原产北美洲南部和西部以及秘鲁和墨西哥北部广大地区，现在在中国主要分布在东北、华北和西北地区，在各类土壤中均能生长，从肥沃土壤到旱地、瘠薄、盐碱地均可种植，有较强的耐盐碱能力。3、作用不同：马牙瓜子具有治疗血痴、透肿毒、安神助眠、驱虫润肺的功效；而葵花籽是向日葵的种子，可供药用，具有较高的营养价值。