该证不能免费乘坐轨道交通。中国人民解放军研究生证、中国人民武装警察部队警官学院研究生证可免费乘坐上海轨道交通，海军工程大学研究生证不能免费乘坐。虽然不能乘坐上海轨道交通，但是乘坐高铁动车二等座7.5折，硬座5折，而且乘坐飞机也有优惠。