两者的区别是车辆的注册吨位。4.99吨的货车注册吨位小于5吨，车厢尺寸和载重量较小，适合用于短途运输，如城市配送、物流快递等。5吨的货车的注册吨位为5吨，车厢尺寸和载重量相对较大，适合用于中长途运输，如货物运输、物流配送等。对于货车来说，注册吨位是由车辆的整备质量、车厢尺寸等因素决定的，直接影响到车辆的行驶证、营运证等证件的办理，以及车辆的各类税费。