该城市地铁公积金的缴存比例为5%至12%。因为国家对于住房公积金有一个统一的规定，而广州地铁公积金缴存比例是根据这一规定并结合自身情况来确定具体的比例。这一比例的设定主要是为了保障员工的基本权益，同时也帮助公司更好的留住人才。