两者要分开核算。因为分开核算有利于规范医疗行为，促进医疗机构因病施治、合理用药和收入结构的调整，完善医疗机构补偿机制，降低药品收入在医院收入中所占的比重，促使医疗机构为群众提供优质、经济的医疗服务。同时，医疗机构需要严格执行《医院财务制度》《医院会计制度》，对医疗收支和药品收支分开核算。