该公司不同账户转账，开票可以一样，也可以不一样。从法律角度来看，开发票账号和支付账号可以不同，只要是同一家公司分别对应的两个账号就可以，比如一个账号是基本户，一个是一般户都是合法的。国家规定的发票信息和支付信息主要是根据企业实际注册的账号来出示的。所以，可以采用不用的账号进行支付和开票。但是从风险防控角度来看，采用不同的账号进行支付和开票可能存在一定风险，比如可能会对账比较繁琐，需要对不同的账号进行核对，以确保账号的准确性。另外，如果开票账号和支付账号不一致，税务部门就可能拒绝开具发票，因为他们不确定发票所核准的收费账号是否正确。