两者区别是起始站点不同、运营线路不同。1、起始站点不同：花都39路长线公交车，起始站点是站前路公交总站；花都39路短线公交车，起始站点是飞鹅岭地铁口。2、运营线路不同：花都39路长线公交车，途经20个站点，到达北部万科城站；花都39路短线公交车，途经18个站点，到达北部万科城站。