两本医学著作经区别在于内容和结构上不同。1、内容：《素问》主要讨论的是中医理论和诊断方法，包括阴阳五行学说、经络学说、病因病机等。《灵枢》则更加注重针灸治疗方面的内容，包括穴位选择、针刺技巧、灸法等。2、结构：《素问》分为81篇，每篇都以一个问题或主题为中心，通过对话的形式进行论述。《灵枢》则分为160篇，每篇都有具体的标题，内容更加系统和有条理。