这种情况允许发生但是会被查。成本大于收入，金三系统会有预警，税务局会查。在一般情况下，企业的成本是低于收入的，这样企业才能获得一定的盈利。企业在经营的初期，由于前期的大量投入，成本高于收入这是很正常的。如果企业经营一段时间后，一直处于成本高于收入的情况，那么就有一定的风险了。