其上级部门是国务院。根据最新的机构改革方案，银保监会取消，中央设立国家金融监管总局，作为国务院直属部门，由国务院管理，地方设立地方金融监管局，实行垂直管理。同时，中央纪委驻银保监会纪检组，以及银保监会下属机构的各机纪检监察部门，都会对银保监会进行监管。