分子式不同、物理性质不同。1、分子式不同：靛蓝的分子式为C16H10N2O2，而靛红的分子式为C8H5NO2。2、物理性质不同：靛蓝为水溶性非偶氮类着色剂，而靛红为橙红色单余棱柱结晶。