性质不同，职责不同。1、性质不同：疾病预防控制中心是由中华人民共和国国家卫生健康委员会主管的实施国家级疾病预防控制与公共卫生技术管理和服务的公益事业单位，而慢性病防治中心是疾病预防控制中心的直属单位，是国家级慢性病与伤害预防控制专业机构。2、职责不同：疾病预防控制中心主要开展疾病预防控制、突发公共卫生事件应急等工作，而慢性病防治中心主要工作职能包括协助卫生部开展慢性病和伤害预防与控制政策法规拟定和政策咨询等。