擅自截留公司工资系违法行为。在雇佣关系内，薪酬支付与扣除须遵守相关法律法规以及雇佣协议约定。公司可根据合法完善之内部规定，对于员工违规及对公司带来经济损失之特定情况扣除工资，但需提供明确证据及合理依据，且扣除后工资不得低于当地最低薪资水平。若员工未经公司许可擅自截留工资，则可能构成对公司财产权益的侵害。公司有权依法追回被截留款项，并可能追究其相应法律责任。此外，此举亦可能违反雇佣协议约定，使员工面临违约法律风险。