公司关于扣减迟到员工工资的决策并非必然违法,但同样需遵守合理合法的准则。从法律层面而言,企业可设定内部规则以约束员工行为,扣工资的条款也需遵循公正合理、法度严明的原则。若扣除后收入低于法定最低薪资水平,或罚款力度过重,失去合理性,将有违法之嫌。另外,公司在制定此项政策时,必须经过民主程序,如与工会或职工代表进行平等协商,并向全体员工公布或通知。总的来说,判定公司扣发迟到工资是否违法,需要全面考虑罚款的程度、流程及是否违背最低工资标准等多方面因素。