是的，日本黄冈站和日本黄冈站是同一个站。当我们提及“日本黄冈站”，实际上是在指向日本某一个具体的火车站点。在这个问题中，虽然“日本黄冈站”被重复了两次，但它们指代的是同一个实体，即同一个火车站。为了更清晰地说明，可以想象这样一个场景：当有人在问“北京西站和北京西站是不是同一个站？”显然，答案是肯定的，因为无论提及多少次，“北京西站”都指代的是那一个具体的火车站。同理，“日本黄冈站”也是如此，不论提及一次还是多次，它都指代同一个站点。因此，可以确认，问题中的两个“日本黄冈站”是同一个站。