1.地之城城主LumberingFool是《迷你忍者》中的首个BOSS。他的上身魁梧，下身瘦弱，手持大刀，主要攻击手段是挥砍和捶地。2.应对这个BOSS的方法是跳过他捶地的震荡波，躲到墙角等待他的大刀卡在柱子上。这时，跳到刀上并按照游戏提示攻击，三回合后即可消灭他。注意，每攻击他一回合，他会移动到下一层，会有小武士出现，但你可以忽略他们，专注于BOSS。3.夜之城城主WindyPants，被称为放屁将军，是第二个BOSS。他的攻击包括用扇子放屁、转圈放屁和憋屁。要击败他，只需引导他的屁冲向你，然后从他胯下穿过，他会吃自己的屁而混乱，此时按照提示攻击，同样三回合解决问题。注意他可能会转圈放屁或憋屁进行范围攻击，最好躲在柱子后或跳起躲避。4.水之城城主TimidSwimmer，也就是高跷狮王，是第三个出场的BOSS。他在水中踩高跷，攻击范围广但攻击力不强。只需将主角移动到场景内指定的红柱子附近，按照提示攻击，三回合即可。不过要注意场景下面的水域和有限的活动空间，以及众多的小兵。5.雪之城城主ScreechingOwl，或称飞禽思想者，是一个会飞的BOSS。他每攻击几次就会落在屋顶上思考，这时是偷袭的好机会。等他落地后，走到他后面按照提示攻击，和第一关的难度相似。当他落到最高屋顶时，向上按照提示战斗。6.生命之城的最终BOSS是EvilSamuraiWarlord，邪恶的老头。他周围有邪恶珠子保护，普通攻击无效。他会发出音波变小动物或束缚主角。要击败他，必须使用强大的忍术，如火球雨和冰雨，交替使用，大约四五回合就能打败。他受到攻击后会升到天空，释放冰雨或雷电，最好使用时间变慢的忍术与他周旋，等他下来再使用其他忍术攻击。此外，场景中有许多小动物变成的武士，建议准备足够的回血和回复精力的药水。击败他后，剧情会继续发展。