菲利佩·路易斯的职业生涯始于2006年，当时他从乌拉圭的伦蒂斯塔斯俱乐部转会至西班牙的拉科鲁尼亚足球俱乐部。作为一位技术娴熟的后卫，他在左后卫和左前卫位置上表现出色，迅速成为球队的关键球员。2010年7月22日，马德里竞技官方宣布，一旦通过体检，菲利佩·路易斯将以约1100万欧元的转会费加盟该队。在拉科鲁尼亚期间，他稳定的表现和全勤记录为他赢得了转会至更大俱乐部的机会。在2008-2009赛季，菲利佩·路易斯完成了所有联赛的比赛，对拉科鲁尼亚的贡献显著。然而，他在2009年1月对阵毕尔巴鄂竞技的比赛中遭遇腿部重伤，这不仅影响了他的个人表现，也导致了球队的成绩下滑。尽管在5月份伤愈复出，但菲利佩·路易斯的转会传闻已经甚嚣尘上，因为他缺席了球队在瑞士和德国的季前训练。巴塞罗那曾被报道对这位巴西后卫感兴趣，但随着阿德里亚诺加盟塞维利亚，关于菲利佩·路易斯转会的讨论暂时平息。