D5566动车沿途经过的站点包括：上海虹桥站、昆山南站、苏州站、无锡站、常州站、丹阳站、镇江站、南京南站。

上海虹桥站是D5566动车的起始站，位于上海市闵行区，连接了多条高铁线路和城市轨道交通，交通便捷。昆山南站是动车离开上海后的第一个停靠站，位于江苏省昆山市，是沪宁城际铁路上的重要站点。

接下来，动车会在苏州站停靠。苏州站位于苏州市姑苏区，不仅服务于高铁动车，还有多条普速铁路线路经过，是苏州地区的主要铁路枢纽。无锡站位于江苏省无锡市，也是一个集高铁、动车、普速铁路于一体的综合交通枢纽。

常州站是动车沿途的另一个重要站点，位于常州市天宁区，是沪宁城际铁路和京沪高铁的交汇点。丹阳站则位于江苏省丹阳市，虽然规模不大，但对于当地居民来说，是出行的重要选择。

镇江站位于江苏省镇江市，是沪宁城际铁路上的主要站点之一，也是连接南京和上海的重要交通枢纽。最后，D5566动车会在南京南站停靠。南京南站是南京市的主要高铁站，位于南京市雨花台区，不仅连接了多条高铁线路，还与南京地铁多条线路交汇，交通十分便利。