红本房产证和绿本房产证的主要区别在于产权性质和交易限制。红本房产证代表的是商品房，即完全产权的房产，可以自由买卖、转让、抵押。持有红本房产证的业主拥有房屋的所有权和土地使用权，可以在市场上自由交易。而绿本房产证则代表的是经济适用房或者限价房，这类房产有一定的政策限制，通常在购买后的一定年限内不能上市交易，或者交易时需要补交一定的土地出让金。绿本房产证的持有者在转让房产时，需要满足一定的条件，比如居住满五年等。此外，绿本房产证的房产在抵押、继承等方面也有一定的限制。总的来说，红本房产证的房产权利更为完整，而绿本房产证的房产则受到一定的政策约束。