冶金等工贸企业申请机械三级安全生产标准化企业，需要准备以下文件清单：1.营业执照2.项目立项文件及审批手续3.主要负责人和安全管理人员的安全培训证书4.特种作业人员的培训证书5.防雷和防静电检测报告6.消防验收意见书7.初步设计及安全专篇8.安全设施设计审查表9.安全设施竣工验收表10.安全验收评价报告11.安全生产事故应急救援预案（包括综合预案、专项应急预案和处置预案）12.应急救援预案备案文件13.安全生产标准化自评报告14.安全生产标准化制度汇编（包括各类安全生产目标管理制度、安全机构设置与人员任命管理制度、安全生产责任制管理制度等）15.安全生产标准化内部红头文件汇编（包括安全生产目标发布红头文件、安全生产责任制发布红头文件等）16.安全生产标准化记录表格汇编及相应记录（包括安全生产目标与指标分解表、安全生产责任制评审更新记录等）17.安全生产规章制度及安全操作规程汇编（包括企业法人（主要负责人）安全生产责任制、安全副厂长安全生产责任制等）以上是申请机械三级安全生产标准化企业所需的主要文件，企业在准备过程中应确保文件的真实性、完整性和规范性。