在使用GX软件时，您可能会遇到三菱PLC的RUN灯交替闪烁的问题，这通常表明内部程序存在错误或某些其他问题，大多数情况下是程序错误。解决此问题的方法是重新输入正确的程序。另外，如果是因为掉电保护的寄存器出错导致的闪烁，也需要重新编写正确的程序来解决问题。