房地产企业预缴增值税的计算方法如下：1.自2016年5月1日起，房地产企业纳入“营改增”范围，原有的营业税改为增值税。税率有所调整，其他税种基本保持不变。2.根据最新规定，房地产开发企业根据年应税销售额500万元的标准，分为一般纳税人和小规模纳税人。一般纳税人适用9%的税率，小规模纳税人适用5%的税率。3.由于房地产开发项目的销售中预售占较大比例，这类项目采取预缴税款方式，预缴税率为3%。4.根据国家税务总局公告2016年第18号，房地产开发企业预收款方式销售自行开发的房地产项目时，应预缴增值税。预缴税款的计算方法如下：-一般计税方式下：应预缴税款=预收款÷(1+适用税率)×3%-简易计税方式下：应预缴税款=预收款÷(1+5%)×3%-预缴税款应在取得预收款的次月纳税申报期内，向主管国税机关预缴。5.预缴增值税的填报方法如下：-预缴税款应填报《增值税预缴税款表》。-收到预收款的当天不再是销售不动产的纳税义务发生时间。只有开具售房发票或不动产产权发生转移以及合同约定的交房日期，才确认纳税义务发生。-在《增值税预缴税款表》中填写第2行的第1列“销售额”栏，即本期收取的预收款（含税），包括在取得预收款当月或主管国税机关确定的预缴期取得的全部预收价款和价外费用。-第2列“扣除金额”房地产开发企业不需要填写。-第3列“预征率”房地产开发企业预征率为3%。-第4列“预征税额”填写按规定计算的应预缴税额。6.增值税纳税申报表附列资料(四)用于对预缴的税款进行台账登记，第4行第2列填写本月发生的应在以后抵减的预缴增值税额。综上所述，房地产企业的预缴增值税额，无论采用一般计税方法还是简易计税方法，都按照3%的预征率进行预缴。这一点希望大家能够清楚。