是的。基本户垫付的材料款需要从专户里扣。因为基本户和专户都是同一个单位的账户，只是用途不同。基本户是办理转账结算和现金收付的主办账户，经营活动的日常资金收付以及工资、奖金和现金的支取均可通过该账户办理。而专户是存款人因特定用途需要开立的账户。所以，基本户垫付的材料款需要从专户里扣。