处理方法如下：1、尚未申报抵扣增值税进项税额的，暂不允许抵扣。已经申报抵扣增值税进项税额的，除另有规定外，一律作进项税额转出处理。2、这些发票已经用于抵扣税款，纳税人需要补缴税款及滞纳金。3、纳税人发现这些发票存在问题，应及时向税务机关报告，并配合税务机关的调查和处理。