不会。由身体原因导致，和教官说明情况，得到教官首肯后休息是不会被扣分的，学生军训是指学生在就学期间所接受的基本军事训练。目的是使学生掌握基本军事理论和军事技能，增强国防观念和国家安全意识，加强组织性、纪律性，弘扬爱国主义、集体主义和革命英雄主义精神，磨炼意志品质，激发战胜困难的信心和勇气，培养艰苦奋斗、吃苦耐劳的作风。