被埋葬在太平别院。根据查询爱奇艺官网可知，在《庆余年》中，叶轻眉属于平行宇宙穿越，不是回到过去式的穿越，因此穿越者在这个时空死去，并不会返回原来自己的时空，而是真的死了。尽管庆帝曾多次到太平别院凭吊叶轻眉，但是叶轻眉的尸体一直被藏在太平别院。