从广州东站到祖庙可以选择乘坐地铁1号线下行前往西朗站，然后换乘地铁广佛线下行到达祖庙站。或者在广州东站乘坐地铁3号线北延段上行前往体育西路站，再换乘地铁3号线上行前往客村站，最后在克村站坐广佛地铁到达佛山祖庙。两种路线所需时间相近，具体选择取决于个人出行时间和交通工具的安排。