菌种退化的原因如下：1.基因突变：由于基因突变引起的菌种退化是非常常见的。基因突变是指基因序列变化的突发事件，它可能导致蛋白质表达的变化、细胞功能的失调，从而对菌株的特性和功效产生不可逆的影响。2.菌株未及时更新：菌株作为一种生物资源，其特性和功能会随着时间推移而逐渐衰退，如果在繁殖过程中不及时进行新鲜血液的更新，菌株的特性和配方会变得失真，从而导致其退化。3.环境压力：外界环境的变化对菌株有很大的影响，比如较大的温度波动、光照不足、氧气供应不足等因素可能导致菌株退化。这些因素对菌株的生长和繁殖产生不可逆的影响，从而导致其功能丧失。4.细菌污染：为了保证这些菌株的质量、纯度和有效性，在生产和使用过程中各种防护措施必不可少。在某些情况下会发生细菌污染，这会引起菌株的退化，同时还可能造成一定程度的身体损害。5.适宜培养条件缺失：合理的培养条件对于保持菌株的高效性和稳定性至关重要。菌株在一定的培养条件下才能发挥其正常的生理和生化活性，缺乏适宜的培养条件会导致菌株退化和功能失调。