级别不同，范围不同。1、牡丹区是区级，菏泽市是市级，牡丹区，隶属于山东省菏泽市。2、牡丹区范围小，菏泽市范围大，不仅包含牡丹区，还包含曹县、单县、成武县、巨野县、郓城县、鄄城县、定陶区和东明县。