影响程度不同、影响方式不同。1、在语言联盟的情况下，虽然两种语言在结构上有一些共同特征，各自的语言系统仍然保持相对独立。而在系统感染的情况下，一种语言会受到另一种语言较为深度的影响，导致其语言结构发生显著变化。2、语言联盟的影响主要体现在词汇和语法方面，而系统感染则会涉及到语音、词汇、语法等多个方面。