原料来源不同、食用方式不同。1、木薯淀粉是从木薯的块根中提取的，而土豆淀粉是从土豆中提取的。2、木薯淀粉中含有氢氰酸，这是一种天然有毒物质，需要加热到70℃以上才能消除，因此通常被用于食品的加工。而土豆淀粉没有天然毒素存在，可以直接生食，多被用来当做食物的增稠剂。