在《六千个晨昏》这部小说中，女主张晨星的母亲离开的原因并没有明确交代。然而，从剧情中可以推测，她可能是因为家庭经济困难而选择了离开。在张晨星的父亲去世后，家里失去了经济支柱，母亲在张晨星十八岁的时候留下三万块钱就离开了。这可能是她为了减轻家庭的经济负担，也可能是因为她自身无法承受失去丈夫后的生活压力。总之，女主母亲离开的具体原因并没有明确说明，我们只能从剧情中推测这可能和家庭经济困难有关。