1、对照指纹图谱的建立：通过高效液相色谱法或其他相关方法，得到对照药材指纹图谱，并将其作为标准参照指纹图谱输入中药色谱指纹图谱相似度评价系统；2、供试品指纹图谱的建立：按照相同的色谱条件和系统适用性试验方法，得到供试品指纹图谱，并将其输入中药色谱指纹图谱相似度评价系统；3、相似度计算：通过中药色谱指纹图谱相似度评价系统，计算机可以自动计算出供试品指纹图谱与对照指纹图谱之间的相似度。