社会团体理事会换届专项审计费由工会经费审查委员会。根据社会团体理事会官网查询得知:工会换届审计费用由工会经费审查委员会承担。工会经费审查委员会是代表会员群众对工会各项经济的收支和财务管理进行审查监督的组织。