财政负担不同、职能权限不同。1、财政负担不同：财政差供是财政担负该单位工资的百分之六十到百分之八十，财政全供属于全额拨款。2、职能权限不同：财政差供除了财政拨款，还可以由该事业单位自行筹集工资，财政全供只能由财政拨款。