高考违纪考生的证明材料会永久保存。根据《国家教育考试违规处理办法》规定，对考生在考试中的各种违规行为，将按照《中华人民共和国教育法》和《国家教育考试违规处理办法》有关规定进行严肃处理。因此，高考违纪考生的证明材料会永久保存，以备相关部门或机构查阅。