专项附加扣除重复采集修改方法如下：1、首先，打开个人所得税APP，点击底部菜单栏办税。2、其次，选择专项附加扣除修改和作废。在此选择对应年度，查询采集专项附加扣除信息。3、最后，选择存在问题的专项附加扣除项目，根据实际情况，通过作废更正，完成对专项附加扣除的停止享受或修改分摊比例额度。