国务院。中国人民银行发行新版人民币应当报国务院批准。因为新版人民币由中国人民银行组织设计，报国务院批准。人民币是中华人民共和国的法定货币，由中国人民银行主要管理，中国人民银行负责人民币的设计、印制和发行。