区别有：名称不同，本质不同。参公单位的全称是参照公务员法管理事业单位，机关单位一般指党政及司法机关。1、参公单位是事业单位，机关单位是行政单位。事业单位是国家机关依据法律法规设立的从事教育、科技、文化、卫生等活动的社会服务组织。事业单位一般要接受国家行政机关的领导，从目前情况来看，事业单位绝大部分由国家出资建立，大多为行政单位的下属机构。与企业相比，事业单位有以下特征：一是不以盈利为目的；二是财政及其他单位拨入的资金主要不以经济利益的获取为回报。行政单位是工资薪水由国家财政发放，行使管理国家职能，三者缺一不可。