结构上的差异、来源上的差异、在生理效应上。1、结构上的差异：低聚果糖主要由2-9个葡萄糖分子组成，而乳果糖则是由一个葡萄糖分子和一个半乳糖分子组成。由于这种结构差异，两者在功能、稳定性、代谢等方面有所差别。2、来源上的差异：低聚果糖存在于许多天然食物中，如水果、蔬菜、蜂蜜等，也可以通过酵素的催化由淀粉发酵而得。乳果糖在自然界中不存在，通过制备获得。3、在生理效应上：由于结构不同，两者在吸收、代谢等方面也有差异。低聚果糖由于多糖的结构，糖的水解速度较慢，在肠道内分解的过程相对缓慢，因此其对血糖的影响较小。乳果糖的吸收速度也较慢，对血糖的影响较一般的葡萄糖要小。