自助机并不可以补办港澳通行证。补办港澳通行证流程为：先到出入境事务厅办理《遗失证件及报到通知书》；在《遗失证件及报到通知书》的有效期内，提交符合《出入境证件相片照相指引》标准的申请人照片；交验申请人居民身份证原件，申请人未满16周岁，也可交验居民户口簿，军人应交验军人身份证明，上述身份证件须留存复印件或者电子扫描图片；按要求用银行卡付费，领取办证回执；在回执上所示领证日期或之后凭本人身份证和回执领取，户籍地15个工作日，非户籍地须30个工作日。