定义不同，位置不同。1、定义不同：终止密码子是蛋白质翻译过程中终止肤链合成的信使核糖核酸的三联体碱基序列，而终止子是转录过程中能够终止RNA聚合酶转录的DNA序列。2、位置不同：终止密码子位于信使核糖核酸上，而终止子位于基因的非编码区分别位于编码区的上游和下游。