培养方式不同，应届毕业考研要求不同，体检要求不同，毕业分配岗位不同。1、培养方式不同。指挥类专业培养带兵的管理军官，非指挥类专业培养专业技术军官。但是，这两类专业在学习文化专业知识上没有什么不同，只是军事训练，军事技能方面，指挥类专业要求更高。2、应届毕业考研要求不同。指挥类专业毕业就要服从全军分配，不可以应届考研。只有服役两年以上，并且经过上级批准才能考研。非指挥类应届可以考研。所以，如果你想一口气先把书读完，建议优先考虑非指挥类专业。3体检要求不同。指挥类专业的体检要求相较非指挥类要更加严格，所以录取分数相对低一些，身体素质好。但是高考分数不占优势的考生，可以优先考虑指挥类专业。4、毕业分配岗位不同。虽然本科毕业分配都是基层军官，但非指挥类专业毕业，既可以从事教学研究，工程技术等非指挥岗位也可以在指挥类岗位上工作，而指挥类毕业一般只能从事指挥类工作。