推荐方式不同、报考资格获得方式不同、志愿填报不同、录取方式不同。1、推荐方式：自荐生需要自己向意向报考的专升本招生高校进行自荐申请；校荐生则由所在专科院校根据综合素质测评成绩进行推荐。2、报考资格获得：自荐生需要通过招生高校的专业综合能力测试才能获得报考该校的资格；校荐生只要综合素质测评成绩排名不低于同年级、同专业的一定比例（如前60%或前40%），就可以直接获得专升本报考资格。3、志愿填报：自荐生在填报志愿时，只能选择获得自荐资格的高校和相关专业进行报考；校荐生则可以填报所报专业内的任何高校，选择范围更广。4、录取方式：自荐生的录取方式可能会因地区、院校或招生政策而异，一般只要达到报考相同高校相同专业的校荐生最低录取分数线，就有可能被录取；校荐生则按照正常的录取程序进行录取，即根据考试成绩、综合素质评价等因素进行综合评定后择优录取。